А. К.
Коляда
ГУ «Институт геронтологии НАМН Украины»,
Киев
E-mail:
Данный адрес e-mail защищен от спам-ботов, Вам необходимо включить Javascript для его просмотра.
В последнее время наблюдается усиление интереса к факторам ремодуляции
хроматина – как к важным игрокам процесса клеточного старения. Многие
исследования говорят о возможности продления продолжительности жизни путем как
активации некоторых модулирующих ядерных факторов (HAT, Lam), так и подавления
их активности (HDAC). Целью нашего исследования был in silico поиск
потенциальных путей регуляции экспрессии
генов гистоновых деацетилаз (HDAC) человека, и подбор возможных
цис-регуляторных элементов в промоторах данных генов. Так как изменение
активности и экспрессии гистоновых деацетилаз экспериментальным путем может
приводить к увеличению продолжительности жизни и иметь терапевтический эффект
при заболеваниях нервной системы и онкопатологии, то чрезвычайно актуальным
становится поиск путей цис- и транс-регуляции активности этих генов.
Для каждого гена человека из семейства HDAC был
проведен поиск промоторных областей в он-лайн базах последовательностей генома
человека Esemble. Это дало возможность идентифицировать несколько промоторных
регионов для каждого из генов и найти регионы, статус которых был не реферированным.
Методом парного выравнивания установлена локализация промоторов относительно
разных частей гена. С помощью базы
транскрипционных факторов и функциональных сайтов найдены сайты
связывания активаторов транскрипции в областях промоторов генов гистоновых
деацетилаз. Среди найденных факторов выбраны тканеспецифические регуляторы
экспрессии, общие для большинства генов семейства. Полученные данные
подтверждают гипотезу о тканеспецифической регуляции экспрессии гистоновых
деацетилаз у человека. Среди найденных сайтов присутствуют последовательности,
вовлеченные в регуляцию развития нервных
клеток, онкологическую трансформацию и клеточную реакцию на стресс. В этих
сайтах выполнен поиск CpG островков с помощью программы MethPrimer.
Данный поиск показал наличие нескольких сайтов потенциального метилирования в
промоторных областях изучаемых генов, что говорит о возможной регуляции
экспрессии этих генов посредством метилирования цитозина.